漢諾威96成立於1896年4月12日，初期只是地區聯賽球會，經過與多間球會合併，於1935年正式參與國家級聯賽。二次大戰時曾一度被迫解散，直到1945年才重新組班。1963年德甲聯賽成立，漢諾威96被編在乙組聯賽作賽。
七十年代時這家球會曾受到財政問題困擾，一度在低組別聯賽打滾。1990年漢諾威96又一次出現財困，幸而在1992年贏得了德國盃冠軍，才止住了破產危機。這屆德國杯漢諾威96先後對著多蒙特、波琴、卡爾斯魯厄、雲達不萊梅和慕遜加柏 ，乃首支德國低組別球會贏得這個杯賽冠軍。
但漢諾威96一直要到十年後，2001/02賽季，球隊才能升上甲組。
近季成績
編輯
年度
級別
成績
1999-2000年
德乙（II）
第 10 位
2000-01年
德乙
第 9 位
2001-02年
德乙
第 1 位（升級）
2002-03年
德甲（I）
第 11 位
2003-04年
德甲
第 14 位
2004-05年
德甲
第 10 位
2005-06年
德甲
第 12 位
2006-07年
德甲
第 11 位
2007-08年
德甲
第 8 位
2008-09年
德甲
第 11 位
2009-10年
德甲
第 15 位
2010-11年
德甲
第 4 位
2011-12年
德甲
第 7 位
2012-13年
德甲
第 9 位
2013-14年
德甲
第 10 位
2014-15年
德甲
第 13 位
2015-16年
德甲
第 18 位（降級）
2016-17年
德乙
第 2 位（升級）
2017-18年
德甲
第 13 位
2018-19年
德甲
第 17 位（降級）
2019-20年
德乙
第 6 位
2020-21年
德乙
第 13 位